有机肥设备的加工过程中，发酵是比较重要的阶段，关系着有机肥最终的质量。在有机肥生产设备发酵过程中需要做好一定的管理和注意事项。

 1、有机肥设备发酵过程的管理。
       在发酵过程中，对温度的控制非常重要，温度过低，达不到腐熟的标准；温度过高，堆肥的养分容易损失。温度达到60度左右时要适当进行翻堆。 
       发酵温度和时间的要求： 
堆肥结束后，原料就进入第一次发酵阶段。它会自动升温到55℃以上，维持5到7天，这时就能杀死大部分寄生虫卵和有害菌，达到无害化处理标准。过2到3天左右翻一次堆，这有利于透气、散热、腐熟均匀。发酵7-10天后，堆肥内温度就下降到40℃以下了，这时生物有机肥的颜色变为深褐色或黄褐色，堆肥内部的有机肥表面附有大量的白色菌丝，无臭味并带有轻微的氨味，这就达到了腐熟标准，就可以直接在田地作基肥或追肥使用了。
       2、发酵过程中应注意的事项 
       用静态方法制造生物有机肥的过程中，应注意：  
在发酵物表面覆盖一层10厘米左右的细碎秸秆或撒一层过磷酸钙，可以减少氨气的蒸发，避免养分的损失。发酵过程中若遇大风，顶部要覆盖秸秆等透气物，以减少水分的蒸发和温度的散失。畜禽粪便存放时间过长或厩肥中秸秆、杂草较多，粪便较少，可适当加些菜籽粕、尿素或者新鲜畜禽粪便，增加氮的含量，调高碳氮比，加快发酵速度，提高肥料质量。堆肥的pH值应控制在5.5-8.5，如果堆肥pH值低于5.5，就是过于偏酸性了，可适当添加生石灰进行调节。应尽量避免在梅雨季节，露天制造生物有机肥，以免水分太高。